Efficient alignment of next generation sequencing data using MapReduce on the cloud
المؤلف | AlSaad, Rawan |
المؤلف | Malluhi, Qutaibah |
المؤلف | Abouelhoda, Mohamed |
تاريخ الإتاحة | 2024-07-17T07:14:47Z |
تاريخ النشر | 2012 |
اسم المنشور | 2012 Cairo International Biomedical Engineering Conference, CIBEC 2012 |
المصدر | Scopus |
المعرّف | http://dx.doi.org/10.1109/CIBEC.2012.6473312 |
الملخص | This paper presents a methodology for running NGS read mapping tools in the cloud environment based on the MapReduce programming paradigm. As a demonstration, the recently developed and robust sequence alignment tool, BFAST, is used within our methodology to handle massive datasets. The results of our experiments show that the transformation of existing read mapping tools to run within the MapReduce framework dramatically reduces the total execution time and enables the user to utilize the resources provided by the cloud. |
اللغة | en |
الناشر | Institute of Electrical and Electronics Engineers Inc. |
الموضوع | bioinformatics Cloud computing MapReduce sequence alignment |
النوع | Conference Paper |
الصفحات | 18-22 |
الملفات في هذه التسجيلة
الملفات | الحجم | الصيغة | العرض |
---|---|---|---|
لا توجد ملفات لها صلة بهذه التسجيلة. |
هذه التسجيلة تظهر في المجموعات التالية
-
علوم وهندسة الحاسب [2284 items ]